根據國務(wù)院領(lǐng)導關(guān)于重大專(zhuān)項審計調查整改工作的系列重要批示精神和科技部、發(fā)展改革委和財政部統一部署，為做好整改工作，水體污染控制與治理科技重大專(zhuān)項高度重視，專(zhuān)項領(lǐng)導小組組長(cháng)、環(huán)境保護部周生賢部長(cháng)明確要求“要認真整改，還要舉一反三，態(tài)度要堅決，力度要大”，專(zhuān)項第一行政責任人、環(huán)境保護部吳曉青副部長(cháng)要求“抓緊整改、限期整改，把整改方案落實(shí)，整改措施做實(shí)，對存在的問(wèn)題決不姑息”，專(zhuān)項第一行政責任人、住房城鄉建設部仇保興副部長(cháng)要求“對審計問(wèn)題要引以為鑒，舉一反三，進(jìn)一步完善水專(zhuān)項管理辦法”。專(zhuān)項牽頭組織部門(mén)會(huì )同總體組，認真研究，及時(shí)制定了整改工作方案，明確了整改工作的指導思想和目標，確定了工作步驟和時(shí)間安排，提出了切實(shí)可操作的整改措施。
一是完善立項機制，提高立項質(zhì)量。針對立項過(guò)程中存在的問(wèn)題，水污染治理專(zhuān)項在頂層設計上，進(jìn)一步調整“十二五”實(shí)施計劃總體思路，按照流域進(jìn)行任務(wù)的頂層設計優(yōu)化，進(jìn)一步明確各流域“十二五”目標和各年度課題任務(wù)設置的關(guān)聯(lián)關(guān)系。在2013年度計劃安排上，從嚴控制、大力收縮，在確保專(zhuān)項和主題目標實(shí)現的同時(shí)，按照聚焦重點(diǎn)流域，強化標志性成果產(chǎn)出，先驗收后立項，避免交叉重復立項等原則，優(yōu)中選優(yōu)。在立項過(guò)程上，原則上，全部都通過(guò)公開(kāi)擇優(yōu)的方式確定課題承擔單位，將逐步推行課題視頻評審和網(wǎng)絡(luò )評審，對課題實(shí)施方案進(jìn)行嚴密、細致的論證。在任務(wù)分解上，課題下不再設子子課題、專(zhuān)題等，減少研究層級，明確規定課題承擔單位和參與單位原則上不超過(guò)5家，避免課題的小、散。
二是提高項目管理水平，確保專(zhuān)項實(shí)施進(jìn)度。針對組織管理不夠規范，不利于保證實(shí)施進(jìn)度的問(wèn)題，水污染治理專(zhuān)項在管理制度上，將盡快修改完善《水體污染控制與治理科技重大專(zhuān)項實(shí)施管理辦法（試行）》，制訂《水體污染控制與治理科技重大專(zhuān)項立項管理辦法》，明確工作職責、工作機制以及立項的程序和要求。在合同審查上，將建立四級合同審查機制。實(shí)行地方水專(zhuān)項辦公室、主題專(zhuān)家組、總體專(zhuān)家組、水專(zhuān)項管理辦公室四級審查程序，明確各個(gè)審查環(huán)節的審查要求和時(shí)間節點(diǎn)。在專(zhuān)家隊伍管理上，起草了《水體污染控制與治理科技重大專(zhuān)項專(zhuān)家選聘、考核、調整和換屆工作細則》（征求意見(jiàn)稿），計劃對專(zhuān)家組進(jìn)行充實(shí)調整，加強對專(zhuān)家組的考核。
三是嚴格成果和經(jīng)費管理，發(fā)揮專(zhuān)項最大效益。針對成果和經(jīng)費管理不夠嚴格，不利于發(fā)揮最大效益的問(wèn)題，水污染治理專(zhuān)項在成果審查上，對于“多頭交賬”成果，給予不良信用記錄，取消該主持人三年內其承擔水專(zhuān)項課題的資格和該單位一年內承擔水專(zhuān)項任務(wù)的資格，對于專(zhuān)項實(shí)施成果，需提供第三方評價(jià)意見(jiàn)。在經(jīng)費管理上，將盡快制訂發(fā)布《水體污染控制與治理科技重大專(zhuān)項經(jīng)費管理細則》，規范、細化預算調整和經(jīng)費監管等內容，完善內部控制和監督制約機制，加強預算管理培訓，規范專(zhuān)項資金的管理和使用。在監督檢查上，切實(shí)落實(shí)中期評估和年度監督檢查工作，加強對承擔單位的考核，委托環(huán)保部督查中心對重點(diǎn)流域示范工程開(kāi)展專(zhuān)項檢查，委托地方水專(zhuān)項管理辦公室開(kāi)展結題課題示范工程第三方評估，確保地方配套工程和資金的落實(shí)。
為做好審計整改工作，水污染治理專(zhuān)項將加強領(lǐng)導，明確責任，完善制度，強化管理。針對審計調查中涉及的課題承擔單位和課題，一是動(dòng)態(tài)調整，對于責任不落實(shí)、實(shí)施不力的課題承擔人和承擔單位堅決予以調整；二是積極協(xié)助調查，積極配合相關(guān)部門(mén)做好后續調查和處理工作；三是限期整改，約談單位相關(guān)負責人，采用通報、黃牌警告、停止課題等方式限期整改。要通過(guò)開(kāi)展審計調查整改活動(dòng)，進(jìn)一步建立健全相關(guān)制度，規范資金管理，增強項目管理能力，提高專(zhuān)項資金使用績(jì)效。
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