“十一五”期間，中小城鎮和農村污水處理引起了水務企業的關注，市場逐漸顯現。但當企業真正進入后，較低的收益率和技術等方面的困難，打擊了不少先行者的信心。水務企業發現，雖然中小城鎮和農村污水處理有著巨大的需求，但市場分散、單位利潤率低，面對這個大蛋糕不知從何下手。
當前，作為水務市場中的一個薄弱環節，中小城鎮和農村污水處理還存在很多“先天不足”，投融資、運行管理、適用技術等都還不成熟，產業鏈條不順暢，還需要國家政策的幫扶。
問題一:缺乏資金
政府支持外，企業可采取多種融資手段
中小城鎮和農村污水處理中，無論城鄉財政覆蓋不全面，還是配套管網建設不完善，都與資金有關。資金的缺乏降低了這些地區的污水處理率，特別是我國東北部和中西部省份，絕大多數鄉鎮沒有任何污水處理設施。
很多水務企業也由于資金缺乏、利潤低而無力進入這個巨大的市場。中小城鎮多為中小型污水處理廠，大部分采用BOT運營方式，且維護和運營管理成本高、日處理能力低。達不到一定處理規模的情況下，企業幾乎無利可收；加之很多水務企業本身貸款、融資就非常困難，只能對個市場望而卻步。
為加強城鎮污水處理設施配套管網專項資金管理，推動加快城鎮污水處理設施配套管網建設，財政部、住房城鄉建設部已于2011年5月23日聯合印發了《“十二五”期間城鎮污水處理設施配套管網建設項目資金管理辦法》。
除了地方政府均衡城鄉資金，投入建設、運營污水處理廠；水務企業還可以采用多種融資方式籌集資金。中央銀行近幾年來首次降低存款準備金率后，企業貸款相對放寬；此外，股票籌資、債券融資、私募基金等都是可以采用的靈活手段。
問題二:運行負荷率低
因地制宜，集中和分散治理相結合
造成水務企業收益低的另一個原因是，中小城鎮和農村污水處理設施運行負荷率低。2011年的統計數據顯示，全國仍有263座建成投運的城鎮污水處理廠(占投運污水處理廠的13％)沒有達到“污水處理廠投運一年負荷率不低于60％、投運3年不低于75％”的基本要求。
有從業者認為，只有日處理在兩萬噸以上的污水處理廠，使用BOT運營，才能有所收益。而相當數量的污水處理廠建成后“曬太陽”，自然獲得不了理想收益。
出現此種狀況的原因是，很多地區盲目追求污水處理廠的數量，并沒有考慮當地實際的污水產生量，更忽視了農村污水量小、分散的特點。
因此，中小城鎮和農村污水處理要堅持因地制宜的原則，集中治理和分散治理相結合。農村地區根據當地的自然地理條件、總體規劃、污水收集系統的實際情況，以及出水排放和污水再生利用的去向，適度集中。對城鎮布局分散和適宜就地成規模再生利用的地區，按照經濟合理的原則，選擇適度分散的處理方式，并采用一些分散處理設施。
問題三:技術不到位
推廣操作簡單、運行成本低、效果好的工藝
中小城鎮和農村污水處理中存在的技術難題也是一大困擾，這也直接影響到污水處理效果和水務企業的收益。
目前我國缺乏適合中小城鎮及農村市場特點的標準化、系列化、成套化的污水處理設備，已有設備普遍存在技術性能不穩定、故障率高、專用維修工具和備品備件缺乏等問題，加之培訓和售后服務力度不夠、設備后期管理和維護成本較高，導致中小城鎮污水處理設施正常運轉率不高。
由于中小城鎮和農村很少有專業人員管理污水處理設施，所以比較適合操作簡單、運行成本低、水處理效果好的工藝。很多地區開始探索適用于中小城鎮和農村的污水處理技術，其中包括小集中和分散式設施。比如，植物吸收塘和簡易人工濕地等。
此外，隨著膜技術的進步，膜的成本進一步降低，一些地區的農村也能用膜技術處理污水。比如，由膜技術與傳統活性污泥法發展而來的膜生物反應器(MBR)技術等。
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